В феврале 1994 года в администрации автономного округа образовано управление ветеринарии. Через 11 лет его преобразуют в службу ветеринарии – орган государственной исполнительной власти.
Первое упоминание о ветеринарии Ямала относят к 1906 году. Связано это с тем, что олени в регионе гибли от болезней регулярно. Как писал в конце XIX века исследователь севера Сибири Дунин-Горкавич, был массовый падёж оленей, которые погибли на 300 вёрст по Оби вверх от Обдорска. Поэтому в письме ветеринарного управления Министерства внутренних дел тобольскому губернатору и была высказана просьба «не отказать в сообщении заключения о ветеринарно-санитарных нуждах местного оленеводства». И губернатор Н. Гондатти утвердил предложение.
Затем в 1907 году по настоянию Обдорского сельского общества и указанию ветеринарного управления Министерства внутренних дел на север губернии назначен ветеринарный фельдшер Попов. Он посетил все населённые пункты Берёзовского уезда и проверил животных. А в 1911-м на Ямале случилась трагедия – крупнейший в истории падёж более 100 тысяч оленей от сибирской язвы, были тогда и человеческие жертвы. По ходатайству ветеринарного управления, при активном содействии губернатора, из Тобольска отправляют экспедицию в 1912, 1913 и 1914 годах под руководством ветеринарных врачей С. Драчинского и А. Чеботарева. Они доказывают, что необходимо учредить ветеринарно-лечебный пункт в селе Обдорское.
Открыли первый стационарный ветеринарный пункт только в 1925 году. Затем на основании декрета Совнаркома создан Обдорский ветеринарный бактериологический институт под руководством профессора С. Грюнера. Его сотрудники изучают сибирскую язву, способы её ликвидации, создают методы и средства лечения и профилактики других болезней оленей. В ликвидацию сибирской язвы на Севере вносят огромный вклад В. Ладман, А. Мишин, А. Ревнивых, М. Полянская, А. Краснобаев, А. Ключерев, З. Балабырдина.
В 1934 году в Салехарде проходит первый съезд оленеводов округа, и ветбакинститут преобразуют в Обдорскую научно-исследовательскую и ветеринарно-оленеводческую станцию. В 1935-м она получает название – Салехардская научно-исследовательская ветеринарная станция по изучению болезней северных оленей. В 1957 году её объединяют с Салехардской зональной опытной станцией, Ямальской оленеводческой станцией, в результате чего образована Ямальская сельскохозяйственная станция.
Для подготовки ветеринаров в 1935 году в Салехарде открыт оленеводческий техникум, в 1944-м первых учащихся приняло отделение «Ветеринария», всего выпущено около 2000 ветеринарных фельдшеров.
В послевоенный период структурами ветеринарии округа, до образования единой службы, руководили и внесли большой вклад в ветеринарное благополучие ветврачи: Д.А. Бойков, Р.Б. Вашкевич, К.Г. Горячева, И.Д. Головко, Т.В. Иванов, Л.Б. Рубанчик, Н.И. Степкин, Б.В. Филиппов и другие.
Сегодня государственная ветеринарная служба осуществляет контроль над безопасностью и качеством продукции животноводства на всех этапах её оборота. А сибирскую язву ликвидировали в регионе полностью к 1941 году, но ветеринарная служба постоянно контролирует ситуацию во избежание вспышек инфекционной болезни. Кроме того, в восточной зоне региона регистрируется бруцеллёз оленей. Однако Всероссийский НИИ бруцеллёза и туберкулёза животных установил, что комплекс ветеринарных мероприятий службы позволил предотвратить инфекцию в оленеводческих стадах. В последние годы возникают вспышки гриппа птиц, и ветеринария противодействует заносу вируса в регион, её специалисты контролируют личные подворья граждан, а также объекты, связанные с производством птицеводческой продукции.
Комплекс проводимых службой ветеринарии мероприятий обеспечил безопасность региона и позволил выполнить условия комиссии Евросоюза по вывозу мяса оленины на экспорт.
